Được thành lập theo Quyết định số 308 QĐ/TCCB-LĐ của Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải ngày 04 tháng 3 năm 1993.
Cơ cấu tổ chức của Trung tâm được định biên bao gồm những cán bộ có trình độ chuyên môn về nghiệp vụ hàng hải cũng như đào tạo và huấn luyện, có kinh nghiệm và nhiệt tình công tác, có thể luôn đáp ứng được những yêu cầu của thuyền viên, của các chủ tàu liên quan đến huấn luyện và nâng cao chất lượng thuyền viên.